すでに信州 伊い那な谷を制圧していた武田信玄 (晴はる信のぶ) は、元げん亀き2年(1571) 三河国へ侵入し、家康に服属していた足あ助すけ鈴木氏の松山城 (足助城) を攻め落とした。周辺の諸城も次々に落城・開城して信玄の支配域は三河にまで拡大した。さらに元亀3年(1572) には遠江とおとうみ国に侵入、三方原の戦いで家康・信長の連合軍を大敗させ、元亀4年(1573) 三河の野田城 (徳川方・菅沼定さだ盈みつ) を攻め落とした。しかしその帰路で信玄は病死する。家督を継いだ勝かつ頼よりは家康・信長に対抗したものの、天てん正しょう3年(1575) 長篠の戦いで大敗し、天正10年(1582) までに武田氏は滅びた。

武田氏滅亡後、本能寺の変とその後の混乱を経て伊那谷は家康の支配下となり、天正18年(1590) 豊臣政権下で家康が関東に転封されると毛利秀ひで頼よりの支配となった。このとき検地が行われ、天正19年(1591) の検地帳 (『青表紙御検地帳』)^※1に根羽村 (近世 根羽・月瀬 2村) は「信州伊奈郡」の「下条領」に含まれ、信濃国して把握された。

この「下条領」は下条氏の旧領に相当する。下条氏は武田氏の伊那侵攻以来その家臣だったが、天正10年(1582) 織田信長の侵攻が伊那谷に及んだとき、下条氏うじ長ながが当主の兄・信のぶ氏うじを追放して寝返った。氏長は信長に旧領を安堵されたものの、この経緯から家臣の不信を買って本能寺の変後の混乱のなか、今度は信氏の次男で家康に通じた下条頼より安やすに殺害された。さらにその頼安も天正12年(1584) の年始、敵対する小笠原氏 (松尾小笠原氏) の計略にかかって殺害され、統制を失った下条氏は天正15年(1587) までに没落した^※2。

『下条記』には、天文13年(1544) 敵対する関氏を滅ぼしてその旧領を組み入れた時点と考えられる下条領について言及があって、根羽・月瀬はその西限として記載されている。またこれは当初の下条領ではなく西へ拡大した部分と読み取れる。したがって近代の根羽村 (近世 根羽・月瀬 2村) にあたる地域は、下条氏が勢力を拡大するなかでその所領に組み込まれ、それが天正19年(1591) の検地で反映され、信濃国 伊奈 (伊那) 郡として把握されることになった。

郷土史家・関盛胤の『伊那温知集』『伊那神社仏閣記』では、それぞれ根羽村・惣源寺 (宗そう源げん寺じ) について以下のように書かれている^※3。

つまり関盛胤は国界変動の要因を、元亀2年(1571) 信玄が足助 (安助) を含む一帯を攻略し、三河へその支配域を拡大したことに求めている。しかし信玄の国郡認識は史料からはわからない。その行動からいえるのは、三河への伸長の過程で下条氏を支配下におき、その所領 (下条領) を安堵した、ということまでである。また領域認識という点では、それを変えたのは下条氏であって信玄ではなく、また時期も天文13年(1544) までさかのぼる。