天正18年(1590) 7月、小田原城の陥落によって後北条氏は滅亡した。秀吉はその旧領である伊い豆ず・相模さがみ・武蔵むさし・上総かずさの全域と下総しもうさの大部分、上野こうずけの南過半、および下野しもつけの一部を家康に与え、支配させた。この過程で混乱が生じたらしく、天正19年(1591) に葛西神社 (古くは『香取宮』、のち一時『香取神社』) と青龍山浄光寺 (木下川薬師) に発給された朱印状には次のように記載されている。

さらに徳川政権となって行われた元げん和な8年(1622) の検地では、長島村・飯塚村は以下のように把握された。

元和年間(1615～1624) までに作成されたと推定されている『下総之国図』にも葛西地域は含まれている。

一方『日本六十余州国々切絵図』(余州図については『6. 寛永国絵図・日本六十余州国々切絵図』を参照) では武蔵国絵図に葛西地域が含まれ、下総国絵図には含まれない。下総国絵図では佐倉街道 (成田街道) に相当する道筋に東から「舟橋」「八幡」「市川」とつづき、ここで「松戸」へ向かう街道 (水戸街道へ短絡する街道) を分け、川を渡ったところに「武州葛西ㇸ出ル」とある。

つまり描かれているのは近世の利根川 (現在の江戸川) までであって、葛西地域は下総国の外にある。武蔵国では「同市川ㇸ出」(同 = 下総) とあるところから佐倉街道がはじまり、「𛀚𛂁川」(かな川、金町)^※5から来る水戸街道と合流するところに「𛀚さい」(かさい、葛西) がある。

「葛西」は新にい宿じゅく町 (葛西新宿) と考えられ、ほかに「牛嶋」「深川 「にのい」(二之江) も存在し、国界は近世の利根川であって葛西は武蔵国に含められている。

この混乱が解消されて国界が確定するのは、二に郷ごう半はん・松まつ伏ぶし・幸さっ手て・島中河辺と同時期の寛永年間(1624～1644) と考えられ、『正保年中改定図』・『武蔵田園簿』には葛西の村々が武蔵国 葛飾郡として含まれる 。

変動前後の棟札を見ると、寛永6年(1629) の八剣神社 (葛飾区奥戸八丁目、古くは『矢剣明神』)、寛永10年(1633) の天祖神社 (葛飾区高砂二丁目、古くは『三社明神』)、および寛永18年(1641) 天祖神社 (葛飾区奥戸二丁目) のそれぞれには以下のように記載されている。

棟札は公的なものではなく、かならずしも正確ではないが、矛盾はない。ただし八剣神社の正保4年(1647) 棟札には「総州葛飾郡葛西荘奥戸新田」とあるという^※8。