室町期から戦国期にかけて、浄土真宗 (真宗) 本願寺派の門徒は組織を形成し、近畿・北陸・中部の各地で支配者に対して武力蜂起した (一いっ向こう一揆いっき)^※1。特に加賀国では、長ちょう享きょう2年(1488) 守護の富と樫がし政まさ親ちかを倒して門徒が自ら国を経営する体制を確立し、内紛や変質を経験しながらも長く持ちこたえた。しかし天てん正しょう年間(1573～1592) に入ると、織田信長の猛攻によって各地の一揆は壊滅し、主導する石山本願寺も籠城戦に追い込まれるなど周辺状況は悪化していった。天正3年(1575) には信長によって加賀の一揆も南部を制圧され、天正7年(1579) には柴田勝かつ家いえ・佐久間盛もり政まさ (勝家の甥) が越前から本格的に侵攻、次々に拠点を攻略していった。

同年 7月には、盛政と柴田勝かつ政まさ (盛政の実弟、同じく勝家の甥だがその養子となった) が手取川最上流域へ谷峠を越えて侵入した。これに対して在地勢力の加藤藤兵衛は降服したので盛政は受け容れ、加藤が東谷・西谷を引き続き支配することを許して安堵した。この結果、東谷・西谷の 16村は柴田勝家の所領に組み込まれた。

勝家の越前国支配は天正11年(1583) はじめまで継続した。しかし天正10年(1582) 6月の本能寺の変とその後の清洲会議を経て、秀吉との対立が激化し、天正11年(1583) 4月に入って本格的な戦闘に発展すると、勝家は敗れて北庄で自害した (賤しずケが岳たけの戦い)。佐久間盛政も敗走中に捕らえられて殺害されたという。

その後、越前国 北庄には丹に羽わ長なが秀ひでが入って、天正12年(1584) 豊臣政権下の検地 (太閤検地) が実施された^※2。このとき柴田勝家以来の領域認識が国郡に反映され、加賀・越前の近世の国界は確定した。『越登賀三州志』は以下のように説明している^※3。

また『白山下御公領等之覚書』は以下のように説明している (同)。

上記に先立って「同十一年勝家北庄きたのしょうに亡ほろぶる後も猶なお越前に屬すればなり」(『越登賀三州志』)・「自みツカラ越前ニ属スルナルヘシ」(『白山下御公領等之覚書』) とある「越前」は、国郡ではなく越前領 (柴田勝家領) を指しているのだろう。

なお、残る尾添谷 (近世 尾お添ぞう・荒あら谷たにの 2村) は、東谷・尾添谷が合流する付近の村々 (近世 吉野・佐さ良ら・瀬せ波なみ・市原・木滑きなめり・中宮の 6村) とともに抵抗を続けたが、天正10年(1582) に殲滅された。